O výstavbu kostola na kopci Kalvária sa zaslúžili jezuiti, ktorí sa aj v Košiciach vyznačovali napĺňaním radových snáh o šírenie vzdelania medzi čo najväčšími vrstvami obyvateľstva. V 18. storočí v našom meste mali na starosti gymnázium a univerzitu, ktorá mala dve fakulty. V tom čase sa od mesta relatívne vzdialený vrch ešte nenazýval Kalvária, toto meno dostal až potom, čo sa tu v roku 1736 rozhodlo o výstavbe kostola.

Projekt tejto sakrálnej stavby je dielom staviteľa Nikodéma Litzkého. Stavať sa však začalo až šesť rokov od prijatia zámeru, čiže v roku 1742. Je potrebné povedať, že stavba takéhoto druhu chrámu si zvyčajne vyžadovala relatívne kratší čas, ale kostol na Kalvárii bol ukončený až v roku 1758. Nebol v centre mesta, dokonca v tom čase bola Kalvária v lesoch a išlo o jeden z prvých výraznejších kopcov Slovenského Rudohoria na okolí.

V čase výstavby sa kostol vyznačoval nízkou drevenou vežičkou. Mal dve podlažia, čo bolo na vtedajšie časy naozaj niečo netypické. Staval sa 16 rokov, ale jezuitom slúžil len 15 rokov. V roku 1773 bol totiž jezuitský rád rozpustený. Chrám si prisvojilo vojsko, ktoré si v ňom urobilo muničný sklad. Len čo však utíchli napoleonské vojny, kostol získala katolícka cirkev. Bolo však nutné pristúpiť k jeho renovácii.

Biskupský a farský úrad v Košiciach po ukončení rekonštrukcie v roku 1820 dali chrám opätovne vysvätiť. Košický biskup požiadal pápeža Leva XII., aby na Kalvárii bolo možné predávať odpustky a pápež požiadavke vyhovel.

Súčasný vzhľad kostol získal v roku 1870, kedy bolo opäť nutné pristúpiť k jeho rekonštrukcii a drevená vežička sa stala už len minulosťou. V tom istom roku postavili za svätyňou otvorenú kaplnku. V nej sa nachádzalo súsošie Piety.

Pred kostol inštalovali súsošie Golgoty - ukrižovaného Krista s dvoma zločincami. Medzi krížmi boli pôvodne inštalované sochy P. Márie a sv. Jána.

Interiér kostola bol v čase jeho zrodu barokový. Oltár dolného podlažia - tzv. slovenského kostola, má stále pôvodnú barokovú plastiku p. Márie. Zachovala sa aj baroková plastika sediaceho Krista s tŕňovou korunou. Oltár na hornom podlaží je novodobý. V tejto časti zaujme obraz naivného maliara Alexandra Kováča, ktorý zobrazuje troch košických mučeníkov. Samozrejme, podľa predstáv autora, pretože ich podobizeň je neznáma.

Zaujímavá je aj história stavby cesty a kaplniek, ktoré ku kostolu vedú od amfiteátra. Kalváriu osadili stromami v roku 1830. Cintorín Rozália už mestu kapacitne nestačil a tak sa na Kalvárii v rokoch 1849 až 1889 aj pochovávalo. Kaplnky vznikali ako krypty bohatých rodín. Kto chcel mať na tomto významnom mieste rodinnú hrobku, musel súhlasiť s podmienkou, ako bude vyzerať a že jej predná časť bude slúžiť ako kaplnka krížovej cesty. Kaplniek je celkovo 16, vyzerajú na prvý pohľad rovnako. Ak sa však prizriete bližšie a začnete porovnávať, predsa len nájdete viacero architektonických rozdielov. Krížová cesta má 14 zastavení, ďalšie dve kaplnky boli postavené na počesť panny Márie. Vchody do rodinných krýpt sa stavali v zadnej časti kaplniek, žiaľ viaceré sa stali neskôr stali obeťami vandalov.

Kalvária bola starostlivo udržiavaným miestom až do 50-tych rokov 20. storočia. V 60-tych rokoch cintorín na Kalvárii zrušili, na týchto miestach sa začali stavať domy, v pláne bola aj likvidácia kaplniek. Na to, našťastie, nedošlo.

V novodobej histórii Kalvárie má významné postavenie skromný človek, kňaz na dôchodku, salezián Don Timko. Tento býval v jednom z domov pri kostole a z vlastnej vôle sa po celých dvadsať rokov sám staral o udržiavanie a čistotu týchto miest.

V súčasnosti sa pri otvorenej kaplnke nachádzajú súsošia Krista so ženou pri studni, Krista s Máriou Magdalénou a ďalšie.

V tomto kostole sa konajú dva odpusty ročne a to 3. mája a 15. septembra.